В некоторых RTC для чтения есть бит состояния или прерывания, фронт которого указывает, что можно читать регистры в течении следующей части секунды до их пересчета.
В других вариантах алгоритмов чтение, к примеру, регистра секунд, останавливает изменение других регистров, пока не будет считан...