Когда переносил заголовки и *.cpp из папок библиотек ArduinoIDE в папку с проектом получал именно такой эффект. Проблема решилась сохранением проекта с новым именем через "Сохранить как..". Видимо, у IDE в служебных папках есть какой-то кэш для каждого проекта, который и дает эти глюки.