По full flash видно, что JLink IMG загружает ota.bin по адресу 0xb000, но стартует всё равно с 0x6300. С загрузчиком какие-то проблемы? Загрузка в RAM тоже не работает.
Может есть full flash с blink например, где всё на своих местах и загрузчик работает?
Arduino 1.6.4 может в этом дело...