немножко покопался в хаосе документации и выудил интересную картинку. похоже что кажды раз при заливке скеча перезаливается boot. такое впечатление, что он интегрируется в скеч на стадии компиляции.
я так понял что область с 0x00000 и 0x01000 которая используеся в SDK для boot.bin и user.bin превращается в arduino в область для скеча.
и где-то между 0x01000 и 0xfe000 превращается в arduino в область для обновления кода по воздуху, OTA update. В SDK по адресу 0xfe000 пишется пустой blank.bin.
область 0xfc000 которая используеся в SDK для init.bin остается в arduino не изменной. в ней хранятся настоики WiFi Config SDK.