Потому, что py2exe должен ставиться под разрядность питона, на не под разрядность винды. Если вы поставили python-2.7.12.amd64.msi то и должны ставить py2exe-0.6.9.win64-py2.7.amd64.exe
Упс... Тот свежий батник , что я подправил оказаля с багом, неправильно оперделял разрядность питона, вернее...