Не, ну Python то, само собой, ставится под свою систему. Тут дело в том, что py2exe_esptool.cmd качает и запускает файл py2exe-0.6.9.win32-py2.7.exe , работающий только под x86. Для 64-ой системы нужен уже py2exe-0.6.9.win64-py2.7.amd64.exe.
Вот, думаю, и можно было бы спросить юзера, что-то...