Была у меня проблема при прошивке питание потерялось. Прошивал AT прошивки одну за другой пока не получил нормальный ответ AT ОК. Потом все заработало в Аrduino IDE.
После прошивки обычно модуль сразу начинает работать. Даже дергать ничего не надо. Убрав GPIO0 с земли можно сделать сброс Reset или убрать и подать питание. Кто придумал дергать CH_PD?
На этих ногах внутренняя память контроллера уже висит. Так что они не свободны тоже. Если размер лога не большой, то можно использовать память контролера.
sd3,sd2,sd1,cmd,sd0,clk трогать не надо если не знаешь зачем они нужны. SD карту как раз нужно подключать к HSCLK, HMISO, HMOSI, HCS. EN это выбор устройства посмотри подключение ESP8266 схему.
VUSB - напряжение +5 вольт с USB кабеля.
Часы на SDA, SCL только в том случае если нет возможности получить время из интернет. Флеш память может и не нужна на кристалле есть память, но если I2C то туда же что и часы. Реле на любые свободные контакты например D4 D5 D16