Поставьте терминал и посмотрите, что в него сыплется при сбросе.
Так как схемы нет, нужно проверять. Если на ATmega32U4 реализован USB-TTL конвертер, то на скорости 74880 вы увидите сообщение:
ets Jan 8 2013,rst cause:2, boot mode:(3,7)
load 0x4010f000, len 1384, room 16
tail 8
chksum 0x2d...