Возможно раз на раз не приходится, чтобы не мучиться и избежать таких приколов нужно собирать единый файл прошивки и не бить её на части, это конечно не сильно удобно, но зато гарантирует, что некоторые области не будут стёрты.
Общий файл из разных частей можно собрать так, кусок из Makefile...