Ситуация простая: Arduino IDE прекрасно прошивает NodeMCU без человеческого вмешательства, в то время как для Visual Micro необходимо держать нажатой кнопочку Flash в начале процесса.
Очевидно, что либо используются разные прошивальщики, либо прошивальщик один, но настройки вызова разные. Пока...