Наоборот, можно использовать под ввод и вывод, если обеспечить гарантированный высокий уровень при включении.
Если не лень, в вашей схеме можно добавить микросхему, которая будет подключать выводы GPIO0 и GPIO2 к схеме с задержкой после подачи питания. Но проще
, но учтите, что после включения...