Файл JSON это не база данных а всего лишь текстовый файл, поэтому его надо сначала прочитать в буфер, распарсить, сделать необходимые изменения, обратно серилизовать в текст и записать в файл.
Я думаю нет нужды делать такую вложенность в вашем случае, зачем усложнять?