Спасибо за ответ, Юрий. Точность бы не помешала, чтобы не использовать внешний RTC.
Первоначальный скачок при старте устройства отследить не сложно. Вся трудность в последующих синхронизациях, поэтому и спросил.
Использую библиотеку "Cron". После синхронизации возникает разница между синхронизированным временем и временем работающего cron-а как раз на величину нестабильности. Соответственно приходится перезапускать все задачи cron-а. В принципе, это тоже можно отследить через дополнительные проверки. К сожалению, дискретность cron-а как минимум минута, значит рассогласование может достигать этой величины в худшем случае.
И так набегает масса костылей, а память-то не резиновая