Отрицательное число int в EEPROM

[Сергей_Ф]

В структурах есть возможность изменять только одно значение?

естественно. Но вот записывать в EEPROM ее лучше целиком. Вы не можете знать в каком порядке компилятор поставит поля структуры. Да это и не нужно.