Можно еще запускать таймер разово, то есть вызывать:чтобы таймером самому себе не наступать на пятки
[inline]procTimer.initializeMs(100, process).startOnce();[/inline]
Каждый раз в конце самой этой вашей процедуры void process() после всех обработок. Тогда таймер вторично не вызовется точно.
Правда это не избавит вас от вызова других прерываний (если они есть - тут уже к @anakod'у) во время выполнения вашего кода. Тогда, если критично, то да, надо как-то запрещать прерывания на время выполнения критичного кода.