А какая вам разница? Бутлодер постоянен для всезх прошивок. Какая-то часть кода тоже постоянна - например, обработка прерываний, библиотеки API, взятые из SDK и, возможно, часть библиотек Ардуино. Это обычно линкер решает на последних стадиях компиляции, какой кусок кода где разместить, так что...