Судя по всему, столкнулся с аналогичной проблемой.
Плата ESP12-S. IO16 соединил с RST через резистор 100 Ом. Другой обвязки, судя по схеме платы, не требуется.
При выходе из deepsleep пишет в терминал на скорости 74800 одну строку:
ets Jan 8 2013, rst cause: 2, boot mode: (3,6)
и на этом...