RTC - это не модуль, а микросхема. Если мало места, зачем тогда лепите из отдельных модулей? Сделайте свою плату, на которую и поставьте нужные чипы. Но в любом случае - место будет нужно для батарейки. И намного больше чем для чипа.
Если нет свободных пинов - значит изначально неправильно...