Я не видел, что бы стартовая информация есп не выводилась, а вот будет ли выводить при старте залитая программа, зависит только от неё.
Просто заставьте микроконтроллер не реагировать на эту информацию.
Н.п. пусть он ожидает, пока не получит заданный символ(-ы) и только потом принимает данные.