На моей плате диод подключен от 3.3в через резистор на GPIO2.
Горит он, если на GPIO2 низкий уровень, вы на GPIO2 намерили высокий уровень.
Ищите проблему где то здесь.
Или измеряете не на той ноге или может быть у вас светодиод на другой ноге, проверяется тестером в режиме прозвонки.
Если на...