Я как-то сниферил протокол загрузки. На сколько я помню на тот момент FlashDownloadTool заливал в RAM свой загрузчик, запускал его и далее уже с помощью него заливал прошивку пользователя. Скорее всего это связано с тем, что бутлоадер от завода не поддерживает некоторые чипы флеша. Вот -...