Свои скрипты ложить в директорию fs/, они автоматом положатся на файловую систему. Автоматом запускается только app.js . Изнутри app.js можно подгружать другие скрипты через File.eval('my_file.js').
От штатного сервера отказаться можно, "miot config-get", смотрим настройку http, и "miot...