Разобрался, это был мой глюк, похоже.Измените пока в конфиге по умолчанию: UART0_REGCONFIG0DEF, UART1_REGCONFIG0DEF
Выглядело так, что устанавливалась по умолчанию галка RXD inverse, хотя в маске не было этого. В веб-интерфейсе можно было снять и далее работало все как надо.
Оказалось, что это происходило из-за вызова
os_timer_disarm(&swbd_uart0_rx_timer);
- т.е. просто остановки моего таймера ДО вызова system_init_done_cb(init_done_cb);
Похоже, так нельзя делать - трогать таймеры до system_init_done_cb(init_done_cb) - вот такие вот глюки получаются.