При старте SWS программатора питание Flash может быть вообще отключено, так как подключение произошло после её отключения для режима sleep.
Или, если CPU работает, и вы его не остановили по SWS, то он одновременно с вашим кодом может работать с SPI для Flash и вы получите бардак. Так-же получите бардак, т.к. не отключили XIP и собьете работу CPU…
Или CPU установил другие режимы котроллера SPI Flash…
Т.е. требуется выполнить и отработать множество условий, чтобы получить простейший программатор по SWS.
Работа по SWS не отличается от JTAG – меняется только физический интерфейс связи с чипом.
И если, к примеру, не работали с JTAG (сами не писали код для него) и не в курсе как работает разнообразные контроллеры в чипах – тогда изучение это всего может занять годы...
А на каждый ваш вопрос написать ответ дольше, чем написать уже рабочий код. Слишком много неизвестного что вам известно и ещё нужно уточнять терминологию.
По этому изучайте сами, а на простейшие вопросы типа начинающего ответов более писать не вижу смысла - это пустая трата времени у всех, т.е. всё есть в документациях к чипам и т.д..