Ну это же классно! Вам попался эксклюзивный ESP-12E. Загоните фанатам ESP-8266 :)
У GPIO0, GPIO1,GPIO2,GPIO3,GPIO12,GPIO13,GPIO14,GPIO15, после RESET по доке включены PullUp.
У GPIO4,GPIO5,GPIO6,GPIO7,GPIO8,GPIO9,GPIO10,GPIO11 нет.
Даже доку нашел - Третий лист в...