Думаю, что дребезг контактов никто не отменял.
Запоминайте время перехода с HIGH на LOW, при переходе с LOW на HIGH проверяйте. Если прошло меньше, например 10 мсек (сами посмотрите как быстро у Вас счетчик может замыкаться), то состояние все-равно меняем на HIGH, но счетчик не увеличиваем. То...