Чудеса.
Чудо обычно бывает или в неправильной конфигурации железа, или оптимизации, нп. volatile забыли.
Если так подумать, то в программе всегда есть хотя бы один цикл и по вашей писанине получается прерывания от порта вообще не работают.
Пожалуйста, попробуйте у себя, создайте новый пустой скетч.
Выберите плату arduino uno, нажмите verify после компиляции, не закрывая программу нажмите ещё раз verify.
Какой получили результат?
Что тут может быть непонятного?
Ну разве что так:
Померьте напряжение на каждом выводе есп, к которому подключен какой либо резистор.
На какой то ноге не то напряжение, что должно быть.
Измерения производите относительно отрицательного провода питания.
Все результаты выложите в виде таблицы...
Чем не устраивает arduino.cc?
У вас берет библиотеку с папки librarry, что необычно.
Сохраните ваши скетчи и удалить все.
После этого нормально установите иде и уже в ней поддержку платы есп, рекомендую версию 2.7.4